Diego Portales fue el primero en ocupar -en calidad de interino- el máximo cargo del Ministerio de Justicia, Culto e Instrucción Pública, secretaría de Estado creada el 1 de febrero de 1837 bajo la presidencia de don José Joaquín Prieto. El 26 de Junioio de ese mismo año, Mariano Egaña asumió en calidad de titular.
El Ministerio tenía como misión ocuparse de “todo cuanto por las leyes toca al Gobierno, en lo relativo a la organización del sistema judicial, régimen y despacho de los juzgados y tribunales”, así como “promover y velar sobre la recta, pronta y cumplida administración de justicia”.
En 1887 esta Secretaría de Estado pasó a llamarse Ministerio de Justicia e Instrucción Pública, desligándose del Ministerio de Culto, situación que se mantuvo hasta fines del siglo XIX.
Recién en Julio de 1899, con la dictación de la Ley Nº 1.297, se separan definitivamente los ministerios de Justicia y de Instrucción Pública.
El año 1927 se dictó la ley de Ministerios, el DFL Nº 7.912, que dio vida a nueve Secretarias de Estado: Interior, Relaciones Exteriores, Hacienda, Educación Pública, Justicia, Guerra, Marina, Fomento y Bienestar Social. Este decreto rigió al Ministerio de Justicia hasta el 22 de mayo de 1980, fecha en que se publicó el Decreto Ley Nº 3.346, que fijó la Ley Orgánica de la cartera.
Posteriormente, el 23 de Enero de 1981, entró en vigencia el actual reglamento orgánico.
El edificio que ocupa actualmente el Ministerio de Justicia es obra del arquitecto chileno Ricardo González Cortés, también autor de los dos edificios vecinos, por calle Moneda y Morandé, que rodean a esta monumental e histórica obra.
Su diseño -de 12 plantas- data de1928 y su destino fue servir de sede al Seguro Obrero. Esta edificación está emplazada en pleno Barrio Cívico de Santiago y alberga a la cartera de Justicia desde Noviembre de 1989.
En efecto, el Ministerio de Justicia no tuvo sede propia antes de 1989, por lo transitó por varios conocidos edificios, como la actual sede de la Corporación de Asistencia Judicial de la Región Metropolitana, ubicada en la intersección de Agustinas y Amunátegui, para posteriormente instalarse durante casi todo el Régimen Militar en el edificio del antiguo Congreso Nacional (1974-1989).